Die Schwerpunkte der Hochschule Merseburg liegen auf der angewandten Forschung, Entwicklung und Weiterbildung. Die über Jahre aufgebauten Kompetenzen in den verschiedenen Fachbereichen machen die Hochschule zu einem attraktiven Partner für Unternehmen der Region und darüber hinaus.
Zielstellung der Hochschule Merseburg ist die Integration der Studierenden in Form spezifischer Projekte in die Forschung und damit die Förderung von Kontakten zu potentiellen Arbeitgebern.

Die Senatskommission für Forschung und Wissenstransfer hat folgende fachbereichsübergreifende Forschungsschwerpunkte bestätigt:

• Chemie/ Kunststoffe,
• zukunftssichernde Prozesse und Technologien,
• Telekommunikation, Signalverarbeitung und Mikroelektronik,
• Automatisierung für technologische Prozesse, Gebäude und Umwelt sowie Systemmodellierung,
• Strömungsmaschinen,
• Sensorik und Werkstoffdiagnostik.
• Prozessmanagament und innovative Informationssysteme

Die Grundsätze der Forschungsarbeit orientieren sich am Profil der Hochschule. Anliegen ist es, enge Kooperationen mit der regionalen und überregionalen Wirtschaft zu pflegen und unter Einbeziehung der Studierenden innovative Produkte und Verfahren zu entwickeln.

Weitere Grundsätze lassen sich wie folgt beschreiben:

• Praxisorientierung und Anwendungsnähe
• Enge Kooperation mit der Wirtschaft, vor allem zu kleinen und mittleren Unternehmen
• regionale, nationale und internationale Vernetzung mit Forschungs- und anderen Einrichtungen
• Einbeziehung von Studierenden und jungen Mitarbeitern in die Bearbeitung wissenschaftlicher Aufgaben
• Entwicklung und Umsetzung innovativer Produkte und Verfahren
• Schaffung zusätzlicher (drittmittelfinanzierter) anspruchsvoller Arbeitsplätze
• Offenheit für neue Entwicklungen und Partner