Die vier Fachbereiche der Hochschule Merseburg bilden die organisatorische Grundeinheit der Hochschule. Diese gewährleisten durch Anpassung nach Größe und Zusammensetzung die Erfüllung der ihnen obliegenden Aufgaben.
Wer in einem Studiengang eines Fachbereichs immatrikuliert ist oder hauptberuflich darin arbeitet, ist somit gleichzeitig Mitglied des jeweiligen Fachbereichs bzw. der jeweiligen Fakultät.

Zu den Aufgabenfeldern eines Fachbereichs gehören die Organisation von Studiengängen sowie die Abnahme von Prüfungen, die Mitwirkung bei der Zulassung und Studienberatung, die Organisation der wissenschaftlichen Forschung, die Förderung des Nachwuchses und die Mitwirkung bei der Berufung von Hochschullehrern und Hochschullehrerinnen. Außerdem sind die Fachbereiche für einen ordnungsgemäßen Lehr- und Prüfungsbetrieb sowie die Verwaltung von Personal- und Sachmitteln zuständig.