Die einzelnen Dezernate der Hochschule Merseburg regeln als wissenschaftliche Einrichtungen außerhalb der Fakultäten die Verwaltungs- und Organisationsbereiche. Durch die Aufteilung in vier Zuständigkeitsgebiete ist so eine koordinierte Behandlung der jeweiligen Ressorts gewährleistet.

• Dezernat Akademische Angelegenheiten
• Dezernat Haushalt und Controlling
• Dezernat Liegenschaftsverwaltung und Technik
• Dezernat Personal